“在”与“知”是哲学的主题，可以说一切哲学都是对“在”与“知”的反思追问，由此构建了哲学存在论与哲学认识论。哲学的活动是一种反思理性，它以纯思的方式审视所知一切的本质与因由。在历史上哲学是有演变与转换的过程的，最初哲学是一种自然思维方式，它同科学一样直接指向存在。其实这个存在，只是一个“存在者”而非“存在本身”。这种最初哲学实质是一种实体主义哲学，当然还是一种外在实体主义。由于人的思维意识的深入与进步，因而产生了反思意向，这时便产生了反思理性的认识论哲学。这时“在”被“概念化”以思维的存在而被反思追问，人们认识到“在”与“知”是有同构，这便产生了思维与存在的统一性哲学。随着“知”与“在”的哲学演绎系统的完备，人们又意识到所谓反思追问的所知一切问题的本质不过是一种“语言”，因为所知一切包括“在”与“知”的问题都可以用语言表达，且又与语言系统有同构性。所以又有了“语言”是 “在”与“知”的家之论点。这便产生了以“语言”为核心的哲学，即语言哲学。语言是意义与知识的载体，又是其本身，面向“语言”就是直观“事物本身”。佛教唯识学具有极为丰富的哲学问题与哲学反思内容。从哲学维度看唯识学，便会认识到唯识学包涵了“存在”“认知”与“语言”的全部系统问题。从这三个哲学系统去观析唯识学却会归纳出一整套唯识学观念体系来。然而若从唯识学的自身结构着眼，唯识学则又有一整套自洽且又圆满的体系。唯识学不同于哲学在于其有现实性与实践性，在“在”“知”“言”上是有同构性的。哲学是立基于抽象思维，以思维逻辑方法处理观念。所以哲学的现实性不具有直接性的可实践性。哲学存在于“可能世界”里。尚不具备必然性。而唯识学则是立基于“亲在”，是以直接的实践性为意向，是以彻底转换“存在”“认知”“语言”的虚妄性，成就真实性为目的。从这个意义上讲唯识学是一种以实践为核心的理论体系。

我们以纯思的方式来考量唯识学关于“在”与“知”的认识成果是有重大意义的，通过这样研究分析，从而探明唯识学的理论实质与实践意义。

下面我们对根本识与转识做一下二维诠解。根本识即阿赖耶识。它是唯识学为了理解现象界的起源与存在的永恒性而建立的存在范畴。唯识学给阿赖耶识定义为三相三藏义。所谓三相者，一是自相，二是因相，三是果相。自相就是阿赖耶识的自身体相，其义为含藏义。因相是指根本识的隐性态，即一切种子识。果相是指根本识的显性态，即异熟识。三藏者是，一是能藏义即阿赖耶识本身功能，二是所藏义即阿赖耶识所摄一切种子，三是执藏即第七识之执取藏识为自我。依据哲学存在论维度看，阿赖耶识所表诠的意思就是哲学存在论所讲的“存在”或称“在”。“在”是“在者”的所依。所以“在”具有根本性。因此，唯识学定义阿赖耶识为根本识或根本依。“在”不是一个静止的自在之物，而是一种具有运动性的自在自为之物，因而“在”的内涵是由因果关系组构的。这就是隐性形态与显性形态的对立统一性。“在”实质是最普遍性的“存在”，所以“在”的存在最普遍性的形式，就是“时空”统一体相。“在”不是抽象的，“在”与“在者”是互动互依的关系。没有“在”“在者”无依据，没有“在者”，“在”就无内涵。所以“在”与“在者”的有机统一，就是生命世界的全部。根本识就是“在”，“转识”即“前七识”就是“在者”。由于法尔染净和合俱转的缘故，“在者”的活动是颠倒无明的，它遮障了“在”的本真态。依我执我见无明割裂了“在”的统一性，形成了二元性觉知形式。并且依情恒执为实在。唯识学建立阿赖耶识存在论，目的在于确立终极实在与终极目标。为现实的实践性提供依据，这就是唯识学的存在论的理论实质与实践意义之所在。另外唯识学认为唯识学的见地是出世法，与一切世间见有本质的区别的，在“存在论”虽然有其同构性，但还有异质性，这就是在“存在论”上，唯识学主要还讲“有为法”与“无为法”问题。这是世间哲学存在论所不专论的，因为它们把有为法与无为法统一在一个本体——“在”上了。认为“在”这个本体是具有二义：一是有为性，二是无为性。在大乘佛教中的如来藏系原理就是这样的知见。唯识学认为“在”是“法”是有为性，而无为法则是“法性”是理体，而“在”则是事体。二者是不一不异，不即不离的关系，并不是一体二用的关系。这就是唯识学的存在论的特殊性。存在论是基于意义上的追问，它并且是一种知识系统，而是一种意义系统。因此哲学并没有停留在“存在论”上，而由“在者”的“亲在”展开而彰显知识系统，并且以知识形式诠释“在”与“在者”的真实性。唯识学也是如此，它的“存在论”实质就是“法性论”。而由“法性论”为理论前提，而展开了唯识论。即认识论。这是一整套的知识系统。唯识学的认识论是基于二分展开，终归四分成量果的。在唯识学的认识论体系中，根本识仍然是具有基础性的重要意义，认识是一种所知活动，而根本识就是所知依。依所知依而形成的所知活动形式与内容就是所知相，即三自相。一是遍计所执自相，二是依它起自相，三是圆成实自相。唯识学的认识论也是一种实践性的认识论，它的认识活动目的在于成就“转依”，它的认识是现观，即对“法”的直观。在认识论中，“法”是意识形态作为所知的亲缘对象，所以唯识学认为“识”所缘所知，由“识”变现转化出来的。因此，一切法皆唯识，一切认识活动皆不离“识”的。所知与所知依同，“在”与“在者”，或说“能变”与“所变”是同构的，统一的。在认识结构中，唯识学认为有两种形态：一是有漏识形态，二是无漏识形态。所以在认识论中，实践性的意义在于转变有漏认知成无漏认知，这就是唯识学的认识论的理论实质与实践意义之所在。唯识学的认识论解决的问题是人的认识原理问起，在这里消解了外在论的认知处理，把认知纳入“识”内进行自我自觉澄明。“唯识无境”就是这样认识论的前提。

从存在论和认识论这两个维度看唯识学的“在”与“知”的理论建构，都会发现其理论的义趣和实践意义。在历史上，唯识学的发展是有不同阶段的，所谓有古义唯识与今义唯识之区别。古义唯识是从存在论角度出发，因此它的“唯识”定义是“只有识”。由于存在论是基于意义系统而建构的的信仰——实践体系，所以它的一切阐释都是价值判断，不具有知识性与现实性。从佛教的立场上看，确定信仰的实在性是没问题的，但是不能诠释经验界的性理，那也只是“偏真”的，不圆满。今义唯识学是古义唯识学的发展，它克服了古义唯识的理论系统的欠缺，并且以认识论角度建构实践体系。从而完成了唯识学的全部体系建构。古义唯识学被称为“无相唯识”，这实质是因为尚古义的唯识学者，还处在二时说法的般若无相义之观念上，没有深透佛教的三时说法的甚深义趣。结果讲唯识义又退回了“无相”的偏真立场上。今义唯识学是彻悟三时说法的甚深密意，和盘托出了唯识教法的全部真旨，从认识论出发，以“有相”义来建构人的认知理论体系。认识论的“唯识”义是“不离识”，这是在认知关系上意义的。有相唯识是事实判断，是具有知识性与现实性的，且本身就是观行实践。唯识学的“只有识”义与“不离识”义有效地解决了“在”与“知”的问题，在有相唯识的体系中把存在论的唯识义与认识论的唯识义有机地圆满统一起来。这个理论体系的最终完成确是我国玄奘法师做到的。玄奘法师的着作几乎没有传下来，但是通过他宣讲而由弟子记录下来的一些名句就是以证成此理属实。如“真唯识量”确立了“不离识”义，具有认识论的基础实在性。再如“三类境”偈，详细地所知境相做了分别，具有重要意义。另如对“四分”义的周密论证，确立了有相唯识学的认知结构理论。仅此这些论断就具以确立有相唯识义的成立了。

若从具体的认知原理上讲，有相唯识学则更具有现实性。在哲学认识论中，主要难点就是“主体间性”和“觉知对象性”问题。这些问题关系到“存在”的真实性与“认识”如何生成的问题的能否解决。在哲学领域对“在”与“知”的追问过程中，西方哲学形成了两大学派，一是怀疑主义，二是独断主义。为了克服这两种主义观念，走出一条新路来，由此产生三大方法论体系，一是以胡塞尔为代表的现象学方法论，二是海德格尔的存在主义哲学方法论，三是维特根斯坦的语言分析哲学方法论。它们是哲学方法论的转向。为了超越传统哲学的困境，这三种哲学方法论，都对哲学的“在”与“知”的转换解读。如胡塞尔的现象学就把“在”与“知”转换为“意向性”与“本质直观”了。海德格尔的存在主义哲学则用“在”与“在者”来诠解开显本真的关键词。维特根斯坦的语言分析哲学则把“事实”与“语言”做为哲学的基本问题。从某种意义上讲，维特根斯坦走向了绝对的经验主义，而海德格尔则走向了神秘主义，只有胡塞尔保持了哲学的先验理性的基本精神，他的理论与唯识学有许多可类比之处。特别是有相唯识学。唯识学的认识论就是从“识”的活动性的结构功能展开的，“识”的功能就是一种“意向性”活动。“识”的觉知开始就是一种“本质直观”。不过唯识学不仅仅就讲这些，更重要是它是在消解“主体间性”与“觉知对象性”后，才建构起“转依”实践性认识论的。然而，西方哲学则不是用“括号”“悬置”，再就是综合混沌，不加细究，再就彻底取消问题，斥为妄谈。再就是接受经验给予的主题相对性与认知反映，先验及建构观。除此则无它高见了。唯识学对“主体间性”有两重诠释，一是基于存在论上的诠释，二是基于认识论上的诠释。根据圣教量讲，唯识学认为宇宙中有无数个阿赖耶识，阿赖耶识就是个体的精神主体，所以宇宙中有无数个主体，这是一种一体多元宇宙模式论。经典以“一室千灯”来比喻这个模式。这个诠释没有经验证据支持，所以这还是个信念的价值判断。但它具有公理性的实践性意义，在经验界中每个个体主体都不怀疑自身的单一性，这是“我思”的出发点。唯识学就是承诺了这“主体间性”的模式而展开它的认识论体系的。在认识论中唯识学也是以“觉知对象性”问题为关键性问题的。虽然唯识学承认“觉知对象”是由自识变现，体不离识，但是唯识不是独识，而是认为识最胜故。唯识学承认识外有疏所缘缘，即外在增上缘存在。这样识与识之间就有了相关性，一切认识的内容是客观的，但是认识形式和认识表相则却是主观的。其实这样唯识学解决了“主体间性”与“觉知对象性”问题，更消解了哲学上的先验与经验，唯物与唯心，存在论与认识论的对立，从升的高度整合了人类的意识存在原理，为生命的现实性实践提供了可以操作的方法论。它的理论有效性和合法性是通过可实证性取得的。唯识学的全部理论体系是具有特殊性的，这是世间各种哲学所不具备的原因是，哲学的取向总是对立性的方法是思辨的抽象的没有打通“存在”与“意识”的通道。而唯识学是以圆成实为取向，是以现实性的实践性为方法，它打通对立呈现具体，以现比二量的认知形式圆成法性“存在”的本真，构成“认识”与“存在”的统一性的真实学。这就是唯识学的最高价值的体现，也是唯识学高于一切哲学的基本点。