入座的前行阶段：身心状态、打坐的环境等都要提前准备好。首先观察自己的心是善念，是恶念、还是无记的状态。若是善念，一定要保持住；若是恶念，立即要断掉；若是无记状态，立即要调整。做皈依、发心，身口意三门都调整好。身调和，最好做毗卢七支坐，身直则脉直，脉直则心直。息调和，最好做九节佛风：左右鼻孔各呼吸三次，两鼻孔同时呼吸三次，内心观想呼出贪嗔痴三毒浊气，吸进智慧的气。然后做简单的上师瑜伽，祈祷一切诸佛的总体、一切坛城的主尊——上师，将自己的心和上师的心融为一体。然后，静静地坐一会儿，不追随过去，不迎接未来，不执着现在，让心安住在这样的状态。
入座的正行阶段：要具体观修当前的内容，观修和静修轮番进行，观修时以观修为主，入座期间不能间断。先明明了了地观想皈依境，在皈依境前发自内心地做因皈依、果皈依，发誓发愿，立下誓言。对所观修的内容要仔细具体地反复观想。观修累了，可以静静地坐一会儿休息，再接着观，这样观修和静修轮番进行。
入座的后行阶段：心里再次祈祷，立下皈依的誓言，观想皈依境中的上师三宝、善神护法发光照耀整个法界，令众生消除了业障、增长了智慧，最后都获得了三身佛的果位。众生立即化成光融入皈依境中的本尊和护法体内，本尊和护法都融入上师体内，最后上师化成光融入虚空中，在这样的境界中静静地安坐一会儿。念头再生起来时，再次观想皈依境。此时，所有的外器世界都是上师三宝的清净刹土，所有的内情众生都是上师三宝的幻化和游舞，一切都清净圆满。起座前，再次观察自己：这一座中的修行是否如法？有没有生起不好的分别念？若是这一座比较成功，可以随喜自己，同时也要对治傲慢心，对自己说：“这次是由于宿世修来的福德才有这么一点儿小小的成就，若是真有这么好，还要看看下一座表现如何。”若是这一座没有成功，自己应该猛厉忏悔，同时也要对治内心的悲观和疲厌，对自己说：“没关系，若是内心没有恶分别念，应该早就成就了，不应该还在轮回中。现在生起这些恶分别念，也是上师三宝的加持，让自己发现相续中这些不好的东西，我以后可以对治它们，慢慢就好了。”最后，念诵回向偈、吉祥偈做回向。
